Il y a une complémentarité entre les instituts privés de formation pastorale et l'approche universitaire de la théologie et des sciences religieuses. À l'université, les étudiants viennent avant tout pour développer des compétences d'analyse critique, indépendamment de leurs éventuelles croyances personnelles. Certains étudiants sont croyants, d'autres non, peu importe. L'université est laïque et n'accompagne pas les étudiants sur le plan spirituel, contrairement à un institut privé. Un institut privé offre aux étudiants un cadre dans lequel ils peuvent s'épanouir dans leur foi, discerner leur vocation, vivre des temps spirituels, et se préparer à différents ministères ou services dans l'Église. Tout dépend, donc, de ce que les étudiants recherchent : s'ils souhaitent un cadre spirituel, un institut biblique sera mieux à même de répondre à leurs attentes ; s'ils souhaitent au contraire une formation scientifique indépendante, où ils seront confrontés à d'autres points de vue, l'université conviendra mieux. Les deux ne sont pas incompatibles : certains étudiants font une partie de leur formation dans un institut privé et l'autre partie à l'université.